En comparación con los mapas conceptuales, los mapas mentales tienen como ventaja la simplicidad de la forma, lo que permite realizar ciertas tareas específicas con mayor velocidad, pero desde el punto de vista de la plenitud y de la eficiencia, sus prestaciones son más reducidas, y como instrumento para el estudio y el desarrollo, el mapa mental presenta las siguientes desventajas:
 

1. Las relaciones entre las ideas no se definen, quedan implícitas, todas iguales, lo que le quita al mapa mental la información más importante, cuando la finalidad es representar conocimiento.

2. La ausencia de tipos de relación reduce la interactividad e inhibe la reflexión. Una vez creada la estructura "a árbol" (o telaraña) no hay más que hacer que "fotografiarlo". Por otra parte este es uno de sus puntos de fuerza, si bien es válido también para otros medios "visuales", aún para aquellos más evolucionados.

3. Su esquema típico presenta una idea central e ideas exclusivamente subordinadas, pero este esquema es falso en la representación del conocimiento en un campo temático cualquiera, porque con este esquema se pierden siempre muchos valores importantes.

4. La estructura es absolutamente jerárquica, con pérdida de representatividad. El conocimiento conceptual no es nunca jerárquico, sino reticular.

5. El árbol resultante será dfícilmente balanceado, porque es imposible prever (o forzar) un crecimiento lógico uniforme de cada rama. Si éste puede ser forzado, entonces hay algo en el principio que no funciona.

6. Como resultado, la creatividad del usuario del mapa mental es limitada y muy reducida con respecto a la que se puede expresar en los mapas conceptuales y aún más en las redes semánticas.

7. Un mapa mental ayuda la memoria, pero no necesariamente la comprensión, y menos aún a la integración cognitiva.

8. Los mapas mentales producidos por software especializados (que-producen-sólo-mapas-mentales) tienen un aspecto monótono, porque ofrecen siempre el mismo modelo gráfico, en el cual cambian sólo los nombres de las ramas que están en posiciones prácticamente fijas o intercambiables.

9. Los mapas mentales no son adecuados para representar la naturaleza y los eventos de la vida (las cosas no son tan lógicas cuanto parecen).

10. No es permitida la conexión de las ideas entre ramas diferentes.

11. Están siempre incompletas.

12. Están siempre abiertas a discusiones y críticas sin fin.

Le mappe mentali hanno comunque delle caratteristiche che in  alcune situazioni possono essere utili:

Obligan a una jerarquía de las ideas. Al obligar la jerarquía, ayudan a la estricta diferenciación de las áreas.
Ayudan en la comunicación basada en listas.
Son convenientes para construir mapas activos de sitios web (clic aquí para ver el mapa activo del sitio de Knowledge Master).
Pueden ser usados para planificar la escritura y para identificar sus contenidos: ver las plantillas correspondientes en Knowledge Master.
Ayudan a memorizar, a través de la categorización de las ideas y la personalización de los símbolos de los conceptos (cambiando la forma geométrica de los símbolos, definiendo colores a los fondos, a los textos, etc.).
Los mapas mentales son usualmente presentados como un recurso para tomar notas en modo veloz y conveniente.

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