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Les relations entre les idées ne sont pas définies, elles restent implicites, toutes égales, ce qui n’enlève pas à la carte mentale l'information la plus importante, quand le but est de représenter la connaissance.
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L'absence des types de relation réduit l’interactivité et inhibe la réflexion. Une fois que l’on a créé la structure "en arbre" (ou toile) il n’y a plus rien à faire que de la "photographier". D'autre part, c’est aussi un de ses points de force, même s’il est valable pour toutes les méthodes "visuelles", même les plus évoluées.
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Son schéma typique présente une idée centrale et des idées exclusivement subordonnées, mais ce schéma est faux dans la représentation de la connaissance dans n’importe quel domaine thématique car, avec ce schéma, on perd toujours des valeurs importantes.
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La structure est absolument hiérarchique, avec une perte de représentativité. La connaissance conceptuelle n’est jamais hiérarchique, mais réticulaire.
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L'arbre résultant sera difficilement équilibré car il est impossible de prévoir (ou de forcer) une croissance logique uniforme de chaque branche. Si elle peut être forcée, alors il y a quelque chose qui ne marche pas dans le principe.
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Comme résultat, la créativité de l’utilisateur des cartes mentales est limitée et très réduire par rapport à celle que l’on peut exprimer dans les cartes conceptuelles et encore plus par rapport aux réseaux sémantiques.
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Une carte mentale aide la mémoire, mais pas nécessairement la compréhension et encore moins l’intégration cognitive.
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Les cartes mentales créées avec des logiciels spécialisés (qui produisent uniquement des cartes mentales), ont un aspect monotone, parce qu’elles offrent toujours le même modèle graphique, dans lequel c’est seulement le nom des branches qui change et les branches sont placées en positions pratiquement fixes ou échangeables.
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Les cartes mentales ne sont pas adaptées pour représenter la nature et les événements de la vie (les choses ne sont pas aussi logiques qu’elles le semblent).
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La connexion des idées entre les différentes branches n’est pas permise.
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Elles sont toujours incomplètes.
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Elles sont toujours sujettes à discussions et contestations sans fin.
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