Nel confronto con le mappe concettuali, le mappe mentali hanno come vantaggio la semplicità della forma, il che permette di realizzare compiti molto specifici con maggior velocità, ma dal punto di vista della completezza e dell'efficienza le loro prestazioni sono più ridotte e, come strumento per lo studio e lo sviluppo, la mappa mentale presenta i seguenti svantaggi:

1. Le relazioni tra le idee non vengono definite, rimangono implicite, tutte uguali, il che toglie alla mappa mentale l'informazione più importante, quando lo scopo è rappresentare conoscenza.

2. L'assenza dei tipi di relazione riduce l'interattività ed inibisce la riflessione. Una volta creata la struttura "ad albero" (o ragnatela) non c'e più altro da fare che "fotografarlo". D'altra parte questo è uno dei suoi punti di forza, anche se è valido per tutti i metodi "visivi", anche per quelli più evoluti.

3. Il suo schema tipico presenta un'idea centrale e idee esclusivamente subordinate, ma questo schema è falso nella rappresentazione della conoscenza in un campo tematico qualunque, perché con questo schema si perdono sempre valori importanti.

4. La struttura è assolutamente gerarchica, con perdita di rappresentatività. La conoscenza concettuale non è mai gerarchica, ma reticolare.

5. L'albero risultante sarà difficilmente bilanciato, perché è impossibile prevedere (o forzare) una crescita logica uniforme di ogni ramo. Se può essere forzata, allora c'è qualcosa che non funziona nel principio.

6. Come risultato, la creatività dell'utente delle mappe mentali è limitata e molto ridotta in confronto a quella esprimibile nelle mappe concettuali e ancora di più in confronto con le reti semantiche.

7. Una mappa mentale aiuta la memoria, ma non necessariamente la comprensione, e ancora meno all'integrazione cognitiva.

8. Le mappe mentali create con software specializzati (che producono soltanto mappe mentali), hanno un aspetto monotono, perché offrono sempre lo stesso modello grafico, in cui cambiano soltanto i nomi dei rami, che sono collocati in posizioni praticamente fisse o scambiabili.

9. Le mappe mentali non sono adeguate per rappresentare la natura  e gli eventi della vita (le cose non sono tanto logiche quanto sembrano). 

10. Non è consentita la connessione delle idee tra i diversi rami.

11. Sono sempre incomplete.

12. Sono sempre soggette a discussioni e contestazioni senza fine.

La conoscenza non può essere ridotta a punti in una lista con rientri

Le mappe mentali hanno comunque delle caratteristiche che in  alcune situazioni possono essere utili:

Costringono ad una gerarchizzazione delle idee. Nel forzare le gerarchie, obbligano ad una stretta differenziazione delle aree.
Assistono la chiarezza e superano il disordine.
Assistono nella comunicazione basata su lista.
Sono convenienti per costruire le mappe attive dei siti web (clicca qui per vedere la mappa attiva del sito di Knowledge Master).
Possono essere usate per pianificare opere letterarie e per identificare i loro contenuti: vedere il modelli corrispondenti in Knowledge  Master.
Aiutano a memorizzare, attraverso la categorizzazione delle idee e la personalizzazione dei simboli dei concetti (cambiando la forma geometrica dei simboli, definendo colori agli sfondi e ai testi, ecc.).
Le mappe mentali sono usualmente presentate come una risorsa per prendere note in modo veloce e conveniente.