Per rendere più efficiente l'utilizzo del modello della mappa mentale, in Knowledge Master l'adattamento delle mappe mentali all'ambiente informatico è stato, invece, quello di permettere all'utente di organizzare meglio la sua mappa mentale, anche partendo da un modello molto generico, che l'utente può sviluppare in totale libertà nelle direzioni assiali necessarie e con lo spaziamento conveniente. 

È importante tenere conto che la percezione umana dell'oggetto grafico ha le sue esigenze spaziali e geometriche, e che la libera distribuzione dello spazio e l'orientamento degli oggetti è fondamentale. 

Seguendo la linea di non restringere né costringere le libertà delle impostazioni grafiche, che debbono essere decise dall'utente, in una mappa mentale di Knowledge Master, l'utente può:

1. Innanzitutto, iniziare con un modello di mappa mentale, per evitare anche una possibile inerzia e confusione iniziale, che può anche permettere qualche peccata minuta di formalità, a piacimento.

2. Classificare le idee, assegnando alle idee affini un "tipo di idea", e ad ogni tipo di idea una veste grafica particolare. Era un vecchio sogno degli affezionati alle mappe mentali. Questo permette di differenziare gruppi di idee affini "a colpo d'occhio" attraverso i colori specifici (per lo sfondo della figura e per il testo), una misura, o una forma geométrica particolare, elemento fondamentale per potenziare qualunque mappa mentale.

3. Rappresentare  idee specifiche con immagini di qualunque tipo o misura, anche GIF animato, prese dai cataloghi offerti con Knowledge Master (circa 2000 immagini) o proprie dell'utente.

4. Assegnare documenti esterni (testi, immagini, multimediali) a qualunque idea, per approfondire la sua comprensione e sviluppo.

5. Connettere una mappa mentale con una mappa concettuale, o in una mappa eterogenea avere i diversi tipi di mappe in livelli diversi della mappa.

6. Connettere le idee a siti Internet.

7. Scrivere testi descrittivi delle idee anche in formato RTF (o importarli).

8. Salvare e aprire le mappe in siti Internet.

9. Passare da mappa mentale a mappa concettuale (e viceversa) senza perdita di dati o d'informazione.

10. Esportare la mappa mentale a testo strutturato o proposizionale.

11. Realizzare ricerche testuali all'interno dei testi descrittivi delle idee.

12. Esportare la mappa mentale ad un file immagine.

13. Inviare la mappa mentale dall'interno de Knowledge Master.

14. Ricercare per categorie di idee.

15. Associare programmi esterni alle idee.